“鯉魚和草魚等重要養(yǎng)殖魚類功能基因組研究及應(yīng)用”通過階段性驗收

2月28日，863計劃“鯉魚和草魚等重要養(yǎng)殖魚類功能基因組研究及應(yīng)用”項目階段性驗收會在北京舉行。驗收會由中國農(nóng)村技術(shù)開發(fā)中心白衛(wèi)濱博士主持，與會專家包括中國科學(xué)院水生生物研究所桂建芳研究員、中國海洋大學(xué)包振民教授、北京大學(xué)劉東研究員、中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育研究所陳良標(biāo)研究員、中國科學(xué)院北京基因組研究所于軍研究員、章張研究員等，國家自然科學(xué)基金委員會計劃局局長孟憲平、副院長李杰人、院學(xué)科發(fā)展處處長徐瑞永、科研計劃處處長劉英杰等出席會議。

項目首席科學(xué)家孫效文研究員作了題為“鯉全基因組測序與遺傳育種工具開發(fā)”的工作匯報。項目對鯉魚全基因組進(jìn)行了測序與裝配，進(jìn)行了基因注釋，獲得的階段性研究成果包括：（1）完成了200倍覆蓋度的全基因組測序；（2）裝配獲得鯉魚基因組框架圖譜，其中contig N50為28 kb，scaffold N50為657 kb；（3）注釋獲得基因36412個；（4）建立BAC文庫，包含92160個BAC克隆，平均長度141 kb，覆蓋7.7倍鯉魚基因組；測序獲得75744個BAC末端序列；（5）構(gòu)建了鯉魚基因組物理圖譜，包含3696個重疊群，N50長度達(dá)688 kb；(6)識別微衛(wèi)星位點(diǎn)9.2萬個，cSNP位點(diǎn)77.8萬個;（7）建立了鯉魚高密度連鎖圖譜，由1058個微衛(wèi)星標(biāo)記和3819個SNP標(biāo)記組成；（8）建立了鯉魚-斑馬魚比較基因組圖譜；（9）獲得食物轉(zhuǎn)化率、肌纖維、體重等24個性狀的QTL區(qū)間480個，主效基因376個；（10）建立了鯉魚基因組資源數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)站。

專家組審查了相關(guān)材料，觀看了鯉魚基因組數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站的演示，經(jīng)深入討論，一致認(rèn)為該項目系統(tǒng)全面地開展鯉魚基因組資源挖掘，覆蓋了包括全基因組測序、基因注釋、圖譜構(gòu)建、轉(zhuǎn)錄組分析、經(jīng)濟(jì)性狀QTL分析、數(shù)據(jù)庫群構(gòu)建等工作，在整體上達(dá)到了水產(chǎn)動物基因組研究的國際領(lǐng)先水平。建議項目組加快研究步伐，加強(qiáng)國內(nèi)外合作，將獲得的基因組資源用于鯉的分子育種研究。